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下图是生物医学研究领域中所需的软件种类

科研干货丨史上全生物医学科研软件库【持续更新中……】插图

图像处理软件

科研干货丨史上全生物医学科研软件库【持续更新中……】插图1

Photoshop

https://pan.baidu.com/s/1xgz0WRmLcbCS9_9NS1_nbQ(atlj)

Photoshop主要处理以像素所构成的数字图像。使用其众多的编修与绘图工具,可以有效地进行图片编辑工作。ps有很多功能,在图像、图形、文字、视频、出版等各方面都有涉及。

Gel-Pro analyzer

https://pan.baidu.com/s/11NppP8asjIQAxSe-H2JG5w(kqbg)

Gel-Pro凝胶分析软件是一个功能强大、易于操作的专业科学软件。该软件可精确处理分子电泳凝胶、blots、微孔板、菌落技术、膜杂交,也可打印图像、分析结果。

Icy

https://pan.baidu.com/s/1NfUiugLn1h4eyhnkMLpXYQ(lzi3)

此软件可处理和分析生物图像,具备424个插件、81个脚本,可在Windows、MacOS和Linux操作系统上安装使用。

Cell Profiler

官网链接https://cellprofiler.org/releases

https://pan.baidu.com/s/1N_Z0YCUtLfdjPCbVA2yRLg(d6qr)

这是免费的开源软件,无需编程技能也能轻松测量数千张图像的表型。可下载在线示例的工作流程或从头开始创建自己的工作流程。这些流程易于保存、重复使用和共享,有助于提供科学的可重复性。该软件可识别各类细胞,也可进行细胞计数和评分、酵母群落分类识别、共定位分析、光照矫正、细胞追踪等。

ImageJ/Fiji

https://pan.baidu.com/s/106PhLb25zbirQQ1lZ_jfXQ(18rt)

一个基于java的公共的图像处理软件,它是由National Institutes of Health开发的。可运行于Microsoft Windows,Mac OS,Mac OS X,Linux,和Sharp Zaurus等多种平台。其基于java的特点,使得它编写的程序能以applet等方式分发。

Image-Pro Plus

https://pan.baidu.com/s/1hj4i8nn559FnAtqaCm5eqw(8iaj)

一款功能强大的图像处理软件,并可对图片进行深度分析,其被广泛应用2D、3D图像的处理、增强和分析等操作。软件内置3D成像工具,允许用户直接应用3D滤镜,该滤镜采用了为先进的基于运算单元的真三维像素3D滤镜,同时用户能够直接使用内置的OpenGL 3D浏览器来进行交互式的3D体渲染。image pro plus 6.0支持对用户图像的色彩逼真度显示进行管理,并可确保户跨成像系统也能够看到精确且一致的颜色。此外,用户还使用交互式的菜单编辑器来定义应用程序,并且同时可使用具有命令自动识别的智能化宏编辑器。新版增加了数据图表功能,包括各种将动态链接覆盖至图像中的各种工具,且大计算数增至100000个对象(但取决于计算机的内存容量大小)。

Adobe Illustrator

https://pan.baidu.com/s/168c1aavOzpD-OawftOVUTA(zqsz)

Adobe illustrator,常被称为AI,是一种应用于出版、多媒体和在线图像的工业标准矢量插画的软件。

ACD Canvas.plus.GIS.15.5.1770

https://pan.baidu.com/s/1-CJe1NzLp7KXvu-eQN4HxQ(n20c)

这是一款矢量绘图软件,程序无缝集成了绘画、图像编辑和Web设计的工具,以多种格式(包括动画和Web绪文件) 导出绘画作品,它在剪辑图库上捆绑了用于位图编辑、展示、Web图形和矢量图绘制的工具。

统计分析软件

科研干货丨史上全生物医学科研软件库【持续更新中……】插图2

SigmaPlot

https://pan.baidu.com/s/1B8rzO8lH3LiBaS6-Afy4-w(p2lg)

这是一款佳的科学绘图软件。该软件允许您自行建立任何所需的图型,您可插入多条水平或垂直轴,指定Error bar的方向,让您的图更光彩耀眼,只要用SigmaPlot将图制作完成即可动态连结给其它软件展示使用,并可输出成EPS、TIFF、JPEG等图形格式。

Origin

https://pan.baidu.com/s/1mzviGEaOwLsXUOFKhk2ung(96ds)

Origin为OriginLab公司出品的较流行的专业函数绘图软件,Origin的数据分析主要包括统计、信号处理、图像处理、峰值分析和曲线拟合等各种完善的数学分析功能。Origin的绘图是基于模板的,Origin本身提供了几十种二维和三维绘图模板而且允许用户自己定制模板。绘图时,只要选择所需要的模板行。用户可以自定义数学函数、图形样式和绘图模板;可以和各种数据库软件、办公软件、图像处理软件等方便的连接。

SPSS

https://pan.baidu.com/s/1byz65skh0fkyvE7W2rQuKw(bpbe)

具有完整的数据输入、编辑、统计分析、报表、图形制作等功能。自带11种类型136个函数。SPSS提供了从简单的统计描述到复杂的多因素统计分析方法,比如数据的探索性分析、统计描述、列联表分析、二维相关、秩相关、偏相关、方差分析、非参数检验、多元回归、生存分析、协方差分析、判别分析、因子分析、聚类分析、非线性回归、Logistic回归等。

graphpad_Prism

https://pan.baidu.com/s/12_nBNLQndf4shYrW-m65-A(3q9t)

又称棱镜,是由Graphpad公司推出的一款超级好用的医学绘图软件,集生物统计、曲线拟合和科技绘图于一体可用于Windows和Mac电脑,结合科学作图、综合曲线拟合(非线性回归),可用于理解统计和数据组织。被各种生物学家以及社会和物理科学家广泛使用。使用者依靠PRISM来分析、绘制和展示他们的科学数据。拥有ROC曲线分析、Bland-Altman分析功能以及GraphPad Prism的线性/非线性拟合等多种功能。能帮助医学人员轻松绘制图表。

Stata

https://pan.baidu.com/s/1pdOqDvcYQqNpT2fZTqhGuQ(cohx)

Stata 是一套提供其使用者数据分析、数据管理以及绘制专业图表的完整及整合性统计软件。

SAS

https://pan.baidu.com/s/1XX_XSY_3soQfuEBm_t_QBw(znye)

SAS是一款统计分析软件。SAS系统主要完成以数据为中心的四大任务:数据访问;数据管理;数据呈现;数据分析。

Minitab

https://pan.baidu.com/s/1RP9SdLj7ryTuHHMAyl-q4w(bx6q)

Minitab由美国宾州大学研制。其特点是简单易懂,很方便进行试验设计及质量控制功能。在国外大学统计学系开设的统计软件课程中,Minitab与SAS、BMDP并列,根据没有SPSS的份。

Statistica

https://pan.baidu.com/s/1EQBf-R7YQGuY4Dg9W3uW1g(4832)

Statistica为一套完整的统计资料分析、图表、资料管理、应用程式发展系统;美国StatSoft公司开发。能提供使用者所有需要的统计及制图程序,制图功能强大,能够在图表视窗中显示各种统计分析和作图技术。

Microsoft Excel

https://pan.baidu.com/s/1_uOwpq0eo-GdKuwCyQM59w(wqnx)

EXCEL电子表格是Microsoft公司推出的Office系列产品之一,是一个功能强大的电子表格软件。特点是对表格的管理和统计图制作功能强大,容易操作。Excel的数据分析插件XLSTAT,也能进行数据统计分析,但不足的是运算速度慢,统计方法不全。

Epi Info

https://www.cdc.gov/epiinfo/support/downloads.html

Epi Info是英文Statistics program for epidemiology on microcomputer 的缩写,翻译成汉语是流行病学统计程序。美国疾病控制中心CDC和WHO共同研制,为完全免费软件。特点是数据录入非常直观,操作方便,并有一定的统计功能,但方法比较简单,主要应用于流行病学领域中的数据录入和管理工作。

绘图软件

Chemsketch

https://pan.baidu.com/s/1o1Tlj5Hj46BTuIVi82d5DA(msca)

该软件可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。ACD/ChemSketch 有如下主要功能:结构模式:用于画化学结构和计算它们的性质。画图模式:用于文本和图象处理 分子性质模式:对以下性质进行估算:*分子量 *百分组成 *摩尔折射率, *摩尔体积 *等张比容 *折射率 *表面张力 *密度 *介电常数 *极性 *单一同位素质量, 标称分子量和平均分子质量 ACD/ChemSketch 可以作为画图软件包单独使用,也可作为其他ACD软件的终端使用,如NMR预测软件。

Smartdraw_11E

https://pan.baidu.com/s/1AP6MG8Tof7OB1E4lv5Fqaw(276s)

专业的图表制作软件。可以用它轻松制作流程图、地图、数学公式、统计表、化学分析图表、解剖图表等等。随带的图库里包含数百个示例、数千个符号和外形供你直接套用,你还可以去该公司的网站下载更多的符号和外形。总量达数百兆之巨,充分满足你制作各类图表的需要。

ConceptDraw

https://pan.baidu.com/s/12kEdBwqDrNkVn9RGpEjH1w(94bh)

一个强大的跨平台应用程序,能够快速简单的在你的文档中创建看起来非常专业的图表和插图。你不必是一个专业的图象制作家,也不需要有任何制图的经验,一切交给ConceptDraw 妥啦。

CorelDraw

https://pan.baidu.com/s/1yBRtrCqyAcERHx-p-PASKw(t56z)

该软件是Corel公司出品的矢量图形制作工具软件,该图像软件包含两个绘图应用程序:一个用于矢量图及页面设计,一个用于图像编辑。这套绘图软件组合带给用户强大的交互式工具,使用户可创作出多种富于动感的特殊效果及点阵图像即时效果在简单的操作中可得到实现——而不会丢失当前的工作。通过Coreldraw的全方位的设计及网页功能可以融合到用户现有的设计方案中,灵活性十足。

分子生物学软件

BioEdit

https://pan.baidu.com/s/1IYQ-jhgOdg5HPof4fXg8bg(av9n)

一款专业强大的分子生物学应用软件,可以完成核苷酸序列和蛋白质序列进行所有常规的分析操作,如:序列比对、序列检索、引物设计、系统发育分析等。

chromas(基因测序峰图查看软件)

https://pan.baidu.com/s/1172_Ryl3QrJ9Xu7aZCvgEA(x6qq)

一款简单实用的基因测序峰图查看软件,通过该软件,用户可以对基因数据的变化进行监控测量,采用峰图的转换模式对基因变化的点、线、区域进行直观的分析,有效的检测基因数据的序列变化。

DNAMAN6.0-Raindy

https://pan.baidu.com/s/1GQ0puc9h9D_ysAW91HQ8pw(nngt)

一款高度集成化的分子生物学综合软件。dnaman软件可以用于多序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析等方面,几乎是囊括了生物学的所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。

ImageLab

https://pan.baidu.com/s/1rF2cvgV51ctepS2hWbAsYA(aas5)

一套图像处理软件,也是来自Bio-Rad的软件,全名叫做Image Laboratory。该软件包括文件打开,保存,显示,打印,复制,粘贴,镜像,旋转,反色等常用功能之外,特别提供一系列图像处理功能,如图像的平滑、锐化、中值滤波、灰度拉伸、亮度变换、直方图均衡、颜色调整、二值化、边沿提取等。采用多文档界面,可以同时打开显示多个图像进行大量处理。

DNASTAR.Lasergene.v7.1

https://pan.baidu.com/s/1yvXvPUpADq_BChl8d-eZrw(4377)

全面的生物医学软件,用作DNA和蛋白质序列分析、重叠群拼接和基因工程管理。包含了7个模块:SeqBuilder --可视化和序列编辑 SeqMan Pro --序列集结和SNP发现 MegAlign --序列组合 PrimerSelect --oligo primer 设计 Protean --蛋白质结构分析和预测 GeneQuest --基因查找 EditSeq --导入特殊文件工具。

winplas2.7

https://pan.baidu.com/s/1_CR20fmDXrMEq7hZt-Jlqg(mowg)

一款非常好用且功能强大的质粒绘图软件,属于专业的生物学软件,软件体积小巧,简单易用,只需要两分种便可以上手操作,主要用于各种论文和教程的质粒插图操作。

BVTech Plasmid质粒绘图软件

https://pan.baidu.com/s/1P2rrWNkcJFYlyUn5hPPqFg(ss24)

BVTech Plasmid DNA质粒绘图软件是免费软件,可以用它来绘制圆或线性的双链和单链质粒图谱与。可以用不同的颜色、文本和样式上标注基因和限制位点的质粒。

SimVector 4.6Installer

https://pan.baidu.com/s/1Gz_w0wXdKZwCOstg8RtLcg(nkvq)

一款非常优秀的DNA分析和质粒图绘制工具。可以设计出各种矢量图、质粒图、载体图和序列图,支持自动生成发表质量的载体图谱,从而帮助生物学家进行试验设计和分析。

Vector NTI软件

https://pan.baidu.com/s/15B5c5LmCevflxzPKUqpiUg(vpt2)

由Invitrogen公司开发的一款序列综合分析软件,包括对齐显示设置、模拟电泳、分析GenomBench、输出查询分子、对分子序列的操作等功能,为序列综合分析提供了新的解决方案。

SSRHunter微卫星DNA位点查找软件

https://pan.baidu.com/s/1utzNTkaiTL6s15-3Mi8I3A(ndqd)

一款非常不错的免费工具;它是由南京农大金陵研究院的李强编写的微卫星DNA,位点查找软件,只要的目的是为了方便专业人员在比较长的序列中搜索出潜在的SSR位点,并且还可以对SSR进行标记的操作,而且使用者还可以利用搜索的结果,开发出新的SSR标记。

SnapGene DNA序列分析软件

https://pan.baidu.com/s/1YZ1uPsNPmPaFB9FmcPyugw(memg)

一款功能强大的DNA序列分析软件,使用能够帮用户分析和修改 DNA图谱并将它们导出到其他格式,支持分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒原件,生成详细的DNA序列文件。

QuantiScan v3.0

https://pan.baidu.com/s/1rWtsegl-UANrKrfM4OEHXQ(57r0)

使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件。QuantiScan还可以帮你分析,扫描多种多样的材料成分。

Oligo引物设计软件

https://pan.baidu.com/s/1cx_UOx07FG9SZ1aEtnSHTw(6hkx)

Primer Premier引物设计软件

https://pan.baidu.com/s/1mmOB2t9x1cAAvugqgcvk9A(xp0e)

一款实用的引物设计软件,软件包含了四大功能选项,包含了引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA基元(motif)查找等功能。

Primer Express

https://pan.baidu.com/s/1hvxVvGta_RF76G45zPv2wQ(rnpf)

一款引物设计软件,可用于设计引物和探针,尤其适用于荧光PCR探针的设计,可以精确计算寡核苷酸与荧光基团鳌合后的Tm值。可以预测引物与引物之间与模板之间等的二级结构。

fastPCR引物设计软件

https://pan.baidu.com/s/1Z-gCEo304_7okjz6V3Ztuw(yizf)

一款快速设计各种类型PCR引物的工具,包括一些常用的DNA与蛋白序列软件工具。基于在标准和长PCR、反向PCR引物的设计新方法,直接氨基酸序列的简并PCR、多重PCR和电子PCR;序列比对、聚类和任何重复序列搜索。

QuantityOne电泳图像软件

https://pan.baidu.com/s/1fRnTu5w03et05huhwUWwvw(16wp)

Gel-Pro analyzer凝胶定量分析软件

https://pan.baidu.com/s/19oxnhs15nF1oPQsDkqJZ9A(vrzo)

bandscan 凝胶图像分析软件

https://pan.baidu.com/s/1AXv14wYkDjGrkyjFxsURQw(dty9)

一个很常用的凝胶图像分析软件,可用于琼脂糖凝胶电泳,SDS-PAGE及及转到膜上的Western Blot,Northern Blot,EMSA等的相对定量分析。

pyMOL软件

https://pan.baidu.com/s/1AJtFNNQRTe2bSnEaoUwn3A(0s9k)

PyMOL是一款由Python语言开发的开源的分子三维结构显示软件,被广泛运用于科学研究与教育领域。PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。

RNAdraw软件

https://pan.baidu.com/s/1v2uCaQcdxOZ9OJ32y3_kkg(6z2o)

RNAdraw是一款RNA二级结构分析软件。支持RNA二级结构计算、序列分析、序列筛选等功能,用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件,以进行多文档窗口打开的数据处理的软件。

PDQuest软件

https://pan.baidu.com/s/1DPOKgDLD_tYDw-5545QD4Q(9wue)

PDQuest 软件具有强大的比较分析能力,特别设计用于同时分析多块凝胶。这种先进的分析工具能揭示分析凝胶间的细微差异(例如研究热激、培养液、剂量反应和时间进程等变量的影响)。

modfitLT-BD周期分析软件

https://pan.baidu.com/s/1ynwA2CI1h59Zfh3QGSQ5HA(1ylp)

ModFitLT是由美国VeritySoftwareHouse公司设计,是用于流式细胞术中进行细胞周期分析的软件。它通过对DNA含量直方图进行曲线拟合,能快速计算出分析细胞周期各时相细胞的含量、G1/S/G2+M细胞的百分比,并测量肿瘤细胞的DNA指数(DNAIndex)、及析凋亡细胞亚二倍体所占的比例,实为研究凋亡细胞生物与药理小伙伴的一大利器。

odyssey western blot

https://pan.baidu.com/s/1VGqNRONOKREvc6s7fsAaFQ(8uxa)

Li-cor公司推出的Odyssey红外激光双色图像分析系统配套软件。是扫完Western后在自己电脑上分析的必备软件。

二维、三维构图软件

DeepViewer

https://pan.baidu.com/s/1QRR47QkCMucZtExzfW760w(ik7l)

曾经称为Swiss-PdbViewer,是一个可以同时分析几个蛋白的应用程序。为了结构比对并且比较活性位点或者任何别的相关部分,蛋白质被分成几个层次。氨基酸突变,氢键,原子间的角和距离在直观的图示和菜单界面上很容易获得。

pymol-0_99rc6

https://pan.baidu.com/s/1dLUyO7dzzTUOVNZFC5mGqA(j6e5)

PyMOL是一个开放源码,由使用者赞助的分子三维结构显示软件。PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。PyMOL的源代码目前仍可以免费下载,供使用者编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统,非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程式;而对于Windows的使用者,如果不安装第三方软件,则无法编译源代码。

细胞生物学软件

flowjo流式细胞分析软件破解版

https://pan.baidu.com/s/1VX1e1IgNpHv6deB5eoyyxg(hmw3)

主要的作用是通过图像分析细胞的各种变化,利用软件自带的分析功能,结合细胞模型创建合理的数据分析平台,让您在学习生物、研究细胞、实验探索等方便可以得到友好的辅助功能,本软件具有多种分析模块,支持荧光补偿、多种设门工具、多种图形类型分析,您可以创建密度图,等高图,伪色图,斑马图来查看细胞在不同场合的变化情况,结合图表分析得出需要的数据。

细胞生物学实验技术汇总

https://pan.baidu.com/s/1YP9VfYfFIk9bmy0Av3gXrA(tq9d)

细胞网络分析工具

https://pan.baidu.com/s/1TOjgcMdIC0FJic7wXjNaJQ(2d2d)

细胞信号通路大全 PPT版

https://pan.baidu.com/s/1ZSrXkYgZHp4qOeLYqidxaQ(ddyf)

Pathway Builder Tool

https://pan.baidu.com/s/1mUOVVJaTCW3OnD4ZaDxONw(5p1k)

一款简单便捷的信号通路作图软件,它能够通过快与简单的方式创建信号通路图,从而让您能够快速设计自己家的项目,而且软件自动了丰富的模板,帮助用户快速完成创建,而且能够支持编辑插入文字、选择背景色等功能,另外,提供了细胞器、分子、箭头等多样的工具,从而能够满足用户对于信号通路图的制作需求,非常适用于演示、出版物等型号通路图的需求。

CellNetAnalyzer

https://pan.baidu.com/s/1C5g7stLTuHeBrsUsG8h1ag(uuc0)

CellNetAnalyzer是一个典型的代谢流分析工具(尽管可能也有其他的用处),可以进行代谢流的计算,预测,目标函数的优化,以及端途径分析,元素模式分析,以及代谢流之间的对比等。可以基本满足研究一个中型代谢网络的结构尤其是计算流分配的要求。

医药学类软件

3dBody人体解剖软件

https://pan.baidu.com/s/1zgwwLsZ1Mhe-BzfYw2m3OA(g4p5)

这是人体解剖3D互动体验学习系统,提供了两套3D的人体模型,涵盖了人体所有系统和器官,您可以在模型中实时交互,给您一个一步步解剖人体的机会,并可以随时大幅面保存当前图像。主要提供了系统解剖!

麦克明彩色人体解剖图谱

https://pan.baidu.com/s/1nzHVwRjsKvQiLcNGlydNCQ(x9ix)

很经典的实体解剖图谱,网上流传的都是CHM版,看起来不方便,要拖来拖去,所以把它转换成了PDF版,并且添加了书签,便于阅读。

新编全医药学大辞典

https://pan.baidu.com/s/1cPtpuaN6cJsowtYtKXcSxw(40zr)

《新编全医药学大词典》原名《网际金典》,是医脉通旗下一款专业医学翻译软件。电脑版支持词典查询,屏幕取词,全文翻译,自动学习和辅助输入等强大功能;移动版另有抓拍取词,词库管理,医学咨询等内容。

生物信息学工具

R包 (cran R + RStudio)

https://pan.baidu.com/s/1GP2u8uZvLxQhY644oqns2Q(d5ej)

FunRich基因功能分析工具

https://pan.baidu.com/s/1FrNZbyZQMn-6QIoO7XiUNg(kmxe)

软件主要完成基因功能注释。主要用于基因和蛋白质的功能富集和相互作用网络分析的独立的软件工具,分析结果可以Venn图、Bar图、Column图、Pie和Doughnut等图表形式呈现,简洁清晰。用户不仅可以搜索默认的后台数据库,还可以加载自定义数据库,从而进行功能富集分析。

BLAST 序列对比工具

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

CS-BLAST 序列对比工具

ftp://toolkit.lmb.uni-muenchen.de/csblast/

HMMER 序列对比工具

http://hmmer.janelia.org/

FASTA 序列对比工具

www.ebi.ac.uk/fasta33

MSAProbs 多序列对比工具

http://msaprobs.sourceforge.net/

DNA Alignment 多序列对比工具

http://www.fluxus-engineering.com/align.html

MultAlin 多序列对比工具

http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html

DiAlign 多序列对比工具

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dialign/

GenScan 基因识别工具

genes.mit.edu/GENSCAN.html

GenomeScan基因识别工具

http://genes.mit.edu/genomescan.html

GeneMark基因识别工具

http://exon.biology.gatech.edu/

Pfam 蛋白质结构域分析工具

http://pfam.sanger.ac.uk/

BLOCKS蛋白质结构域分析工具

http://blocks.fhcrc.org/

ProDom蛋白质结构域分析工具

http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php

SLAM 基因组分析工具

http://bio.math.berkeley.edu/slam/

Multiz基因组分析工具

http://www.bx.psu.edu/miller_lab/

Magic-BLAST v 1.5.0

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST/

Magic-BLAST工具通用性非常强大,运行也很快。它可将要读取的片段与BLAST数据库或一个FASTA文件排列在一排。可接受FASTQ文件作为输入,或者自动从NCBI的SRA存储库中检索。

数据库

DAVID生物信息数据库

https://david.ncifcrf.gov/

整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析。

KOBAS数据库

http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/?t=1

一个被广泛用于基因/蛋白质功能注释和功能集富集的网页版数据库。使用者在给定一组基因或蛋白质,该数据库可以确定某些通路和基因本体论(GO)是否有统计学显着性。

String数据库

https://string-db.org/

一个在线搜索已知蛋白之间和预测蛋白质之间互作关系的数据库。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还利用了生物信息学方法预测的结果。

gnomAD基因组聚集数据库

http://gnomad.broadinstitute.org/

这个数据库是通过各种大型人群测序项目汇集数据,鉴定各种功能丧失型变异体,这提供了重要信息帮助我们理解人类的生物学特征和疾病,评估罕见和常见遗传病。

solQTL数据库(了解分析茄科、菊科的表型和基因型)

http://solgenomics.net/qtl/

solQTL是番茄基因组测序计划的基因组信息资源门户网站数据库SGN (http://solgenomics.net) 的子模块。在solQTL上可看到全基因组QTL图谱的很多参数资料;同时,还能清楚看到染色体每个位点。solQTL数据库的网站界面容易操作,允许研究人员将茄科的表型和基因型原始数据上传到SGN数据库,进行QTL(数量性状位点)分析并动态交联到相关的基因组注释。同时,研究人员还能利用solQTL选择QTL图谱的实时统计参数,也可以选择把自己上传的原始和分析的数据公开给其他用户看。

SeqBuster (分析人类胚胎干细胞小RNA)

http://estivill_lab.crg.es/seqbuster

允许对任何自定义数据库进行注释。在一个独立的平台上SeqBuster综合了多个分析模块,构成了个提供miRNA变异体(isomiRs)特性的重要生信工具,SeqBuster常用于贮存人胚胎干细胞小RNA的数据集。

EVpedia-外泌体蛋白质组、转录组和脂质体数据库

http://www.evpedia.info/

EVpedia是由韩国项浦大学创建的一个完整而全面的蛋白质组、转录组和脂肪体数据库,其来源于古菌、细菌和真核生物,包括人类。还提供一款分析工具,可用于如检索和浏览囊泡成分、Gene Ontology富集分析、囊泡蛋白和mRNA的网络分析,同时,胞外囊泡研究的相关文献在本数据库中列出。

ExoCarta外泌体蛋白质、RNA和脂质数据库

www.excarta.org/

ExoCarta的一个典型特点是具有外泌体蛋白动态的蛋白与蛋白之间相互关系网以生物学通路。用户可以从大量的研究中下载常用的蛋白数据。下载的文件可用于进一步直接导入到FunRich工具,以便进行其他的功能富集和相互关系网分析。

Vesiclepedia外体蛋白质、RNA和脂质数据库

http://www.microvesicles.org/

Vesiclepedia,一个胞外囊泡分子数据(脂质、RNA和蛋白质)的手工检索工具库,目前包含来自于过去一些年份文献中发表的341个独立研究的35264个蛋白,18718个mRNA,1772个miRNA、342个脂质条目,还可以根据物种、囊泡、分子和样品类型浏览和检索。数据库是公开的,允许用户根据不同的搜索标准查询和下载EV cargo、 EV分离和表征模式,生物物理和分子特性以及EV-METRIC列于数据库中,帮助生物医学科学家评估EV制剂的质量和获得的相应数据。此外,基于FunRich的Vesiclepedia插件可以帮助用户进行数据分析。

尿Exosome蛋白数据库

https://hpcwebapps.cit.nih.gov/ESBL/Database/Exosome/

这个尿外体蛋白数据库是基于发表的蛋白质质谱数据。NHLBI上皮系统生物学实验室(ESBL)。所有的数据都是从健康的人类志愿者体内分离出来的。这个数据库包含了用两种不同的质谱仪来鉴定人类尿外体的蛋白质。

exRNA图谱-外显子RNA数据库

http://exrna-atlas.org/

ExRNA图谱是细胞外RNA通讯联盟(ERCC)的数据仓库,包括来自人和小鼠生物液的小RNA测序和RT-qPCR衍生的exRNA图谱。所有rna-seq数据集都使用第4版的摘录小型rna-seq管道并将ERCC制定的质量指标统一应用于这些数据集。

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TCMSP数据库

http://tcmspw.com/

TCMSP,全称为中药系统药理学数据库与分析平台,是一种独特的中草药系统药理学平台,它能捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。TCMSP数据库包括化学物质、靶点和药物靶点网络;相关的药物靶点网络;涉及口服生物利用度、药物相似度、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。TCMSP数据库包含了499味草药和每味草药的化合物成分(共29000余个),针对每个化合物提供了较全面的人体吸收、分布、代谢性质评价数据,同时提供潜在活性分子的靶标及其疾病信息,形成了针对每味草药的药物—靶标—疾病网络,为从系统水平研究中药作用机理提供一个新平台。

DrugBank数据库

https://www.drugbank.com/

DrugBank数据库是阿尔伯塔大学提供的一个生物信息学和化学信息数据库,是一种独特的生物信息学和化学信息学资源,它将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来。DrugBank大的特色是它支持全面而复杂的搜索,结合DrugBank可视化软件,这些工具让科学家很容易地检索新的药物靶目标、比较药物结构、研究药物机制和探索新型药物。

TCMID数据库

http://www.megabionet.org/tcmid/

TCMID(中医药综合数据库)是一个提供信息、缩小中医药与现代生命科学差距的综合数据库。该数据库含有中药各方面信息包括配方、草药及其成分,还含有现代药理学和生物医学所深入研究的药物、疾病的信息。TCMID的其中一个亮点是,它使用草药和化合物作为桥梁,将TCM配方与蛋白质连接,所以它可用于分析公式的多目标效应,探索每种公式的潜在分子机制。

BATMAN-TCM在线生信分析工具

http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/

BATMAN-TCM(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular mechANism of Traditional Chinese Medicine),是个专门为研究中药分子机制而设计的在线生物信息学分析工具。对于用户提交的TCM,BATMAN-TCM首先预测每个查询中药成分的潜在目标,然后对这些目标进行功能分析,包括Gene Ontology term、KEGG pathway和OMIM/TTD疾病富集分析。中药成分—靶向途径/疾病关联网络和生物途径与突出的中药靶标也被显示。另外,BATMAN-TCM支持使用者同时输入多个中药,这通常用于同时分析一个配方的多个综合草药,有助于从分子和系统水平理解该配方的组合原理。

OncoDB.HCC数据库

http://oncodb.hcc.ibms.sinica.edu.tw/index.htm

这是HCC癌症基因组数据库,它综合了三种数据集,包括染色体畸变研究、基因表达研究和HCC模式生物。

Liverome数据库

http://liverome.kobic.re.kr/index.php

TTD-治疗靶标数据库

http://db.idrblab.net/ttd/

TTD(therapeutic target database)2002年上线,它提供药物主要靶标的相关信息。

CTD数据库

http://ctdbase.org/

CTD(comparative toxicogenomics database)提供了有关化学暴露(环境和药物)、基因和蛋白、表型和疾病之间复杂相互作用的信息。这些数据与功能和途径数据集成在一起,有助于发展关于受环境影响的疾病的潜在机制的假设。

PharmGKB-遗传药理学与药物基因组学数据库

https://www.pharmgkb.org/

PharmGKB(Pharmacogenetics and Pharmacogenomics Knowledge Base)数据库收集了与药物基因组相关的基因型和表型信息,并将这些信息系统地归类。该数据库由美国国立卫生研究院NIH创建。

文献管理软件

EndNoteX7

https://pan.baidu.com/s/1VnTq6ZAFzWSWvZaj5T3RUw(5629)

一款享誉中外的专业级参考文献管理软件。endnote x7 破解版拥有非常强大的文献管理功能,界面框架合理流畅,能够建立一个完整的文献数据库,提供便捷的在线浏览服务,支持批量注释,同时具有极强的兼容性,支持超过上千种参考文献格式,并且能够与Microsoft Word完美无缝链接,是科研工作者不可多得的好帮match手。

Refviz 2.1

https://pan.baidu.com/s/1pNPrWBBW6DyADIO59Jr0AQ(ceyb)

一款专业的文献分析软件,由Thomson和ominiviz公司合作开发,可以与EndNote结合使用,帮助我们分析、组织和管理大量的文献,通过采取与我们阅读文献类似的方式:通读所有文献、找出关键信息,然后进行归类,并以可视化的图形方式将归类的结果展示出来。

NoteExpress v2.2.0.674

https://pan.baidu.com/s/1rYUoD11iiqvE0gqC1mRQGQ(dszz)

具备 文献信息检索 与下载功能,可以用来管理参考文献的题录,以附件方式管理参考文献全文或者任何格式的文件,文档。数据挖掘的功能可以帮助用户快速了解某研究方向的新进展,各方观点等。除了管理以上显性的知识外,类似日记,科研心得,论文草稿等瞬间产生的隐性知识也可以通过NoteExpress的笔记功能记录,并且可以与参考文献的题录联系起来。在编辑器(比如MS Word)中NoteExpress可以按照各种期刊杂志的要求自动完成参考文献引用的格式化——完美的格式,精准的引用将大大增加论文被采用的几率。与笔记以及附件功能的结合,全文检索,数据挖掘等,使该软件可以作为强大的 个人知识管理系统。

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Mendeley

https://pan.baidu.com/s/1xXb83oub-zkhnDN_dZ5jwQ(jp6t)

一款免费的跨平台文献管理软件,同时也是一个在线的学术社交网络平台。可一键抓取网页上的文献信息添加到个人的library中。还可安装MS Word和Open Office插件,方便在文字编辑器中插入和管理参考文献。参考文献格式与Zotero一样用各种期刊格式的CLS文件。Mendeley还免费提供各2GB的文献存储和100MB的共享空间。

持续更新中……

网站福利吧

(1)Xshell (ssh客户端)

https://www.netsarang.com/products/xme_overview.html

(2)元素周期表

https://www.ptable.com/?lang=en

(3)空间群信息查询

http://img.chem.ucl.ac.uk/sgp/large/sgp.htm

(4)杂志名称缩写

http://cassi.cas.org/search.jsp

(5)离子半径查询

http://abulafia.mt.ic.ac.uk/shannon/radius.php

(6)常用单位转换

http://halas.rice.edu/conversions

(7)杂志影响因子查询

http://www.letpub.com.cn/index.php?page=journalapp&view=search

(8)Handbook of Chemistry and Physics

http://hbcponline.com/faces/contents/ContentsSearch.xhtml

(9)IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY

https://www.guidetopharmacology.org/

(10)专有名词缩写查询

https://www.abbreviations.com/

(11)在线生物医学大辞典

https://dict.bioon.com/

(12)RRID查询(查询质粒、抗体、细胞系)

https://scicrunch.org/resources

(13)Biostars 生信学习讨论网

https://www.biostars.org/

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作者 nasiapp

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